En 1948 apareció el primer volumen de la publicación, Anales de Historia Antigua y Medieval, como órgano del Instituto.
Su objetivo fue promover la investigación a través de la interpretación de fuentes y el replanteo de problemas historiográficos. Publicaron desde entonces investigadores nacionales y extranjeros, como Sánchez Albornoz, Heers, Fernández Galiano, de Ferdinandy, Imbelloni, Benito Ruano, Altheim, Kerenyi, Lozinski, Carlé, Guglielmi, Orduna, Bauza, etc. Durante largos años la revista contó con una dirección editorial formada por investigadores del propio Instituto.
En 1991, se renueva el Consejo Directivo de la revista, se acuerda en un proyecto científico, y se establecen modificaciones de procedimiento, cambios que se tradujeron en el actual perfil de Anales...
La investigación fue definida en el campo de la historia social, recogiendo una tradición que se remonta a José Luis Romero. Más allá de la indefinida amplitud del término "social", esta palabra evoca, para los miembros de la dirección editorial, una singular escuela historiográfica académica argentina. Impulsada por este historiador, su distintivo estuvo antes en la diferenciación de la producción factográfica e institucionalista, que en una homogeneidad teórico metodológica.
La dirección de la revista se propuso, desde entonces, rescatar uno de los aspectos más perdurables del magisterio de Romero: la coexistencia en un mismo medio de distintos enfoques no tradicionales.
En correspondencia con esta línea se cuestionó una divisoria tripartita de la historia europea, derivada de la periodización del humanismo, que actuales tendencias de estudio concentradas en el movimiento profundo de estructuras seculares han tornado en muchos casos obsoleta.
El marco temporal de trabajo del Instituto se amplió a lo que la taxonomía escolar todavía vigente llama Época Moderna, y la revista incorporó desde 1997 (volumen 31) estudios que comprenden el conjunto de problemáticas de la era pre burguesa de la historia europea.
Se produce entonces la ampliación de su nombre a Anales de Historia Antigua, Medieval y Moderna (ISSN 1514-9927) comenzando una nueva etapa.